Gamora fue la única superviviente de una raza alienígena llamada Zen-Whoberis, quienes vivían en paz y armonía en un planeta del sistema Silican. Los Zen-Whoberis rehusaron convertirse a las doctrinas de la Iglesia de la Verdad Universal, una agresiva orden religiosa que buscaba establecer un imperio intergaláctico. Agentes badoon de la orden conocidos como los Grandes Inquisidores condujeron a la totalidad de la población a un extenso valle y los exterminaron por haberse resistido. Thanos, el Titán Loco, rescató a la pequeña Gamora y la transportó a través del tiempo hasta un período por lo menos dos décadas anterior a la muerte de su raza. A bordo de Santuario, su estación espacial, Thanos educó a Gamora, entrenándola para que se convirtiera en una atleta superior y en una experta asesina. Thanos también alteró sutilmente su mente para que no se diera cuenta de que las acciones que cometía en su nombre eran malvadas {WLOCK 10}. De hecho a la edad de cinco años, penetró en Santuario II Xtoral Laxtan, uno de los enemigos de Thanos. Cuando el alienígena estuvo a punto de matar a Thanos por la espalda, Gamora lanzó una muñeca que su amo le había regalado impidiendo que lo matara y dándole tiempo a Thanos para terminar con la amenaza.
Poco después de cumplir los 15 años, Gamora era la samurai astral personal de Thanos siendo capaz de derrotar a un droide de combate sin ninguna dificultad. Cierto día en el que Thanos fue a Tartooine 7, Gamora decidió pasear sola por el espaciopuerto a pesar de las advertencias de su amo. Así fue como una banda callejera la apresó y abusó de ella brutalmente hasta dejarla al borde de la muerte. Thanos la rescató una vez más e hizo que le implantaran prótesis biónicas en huesos, músculos y sistema respiratorio para curar las graves heridas que había sufrido {W&IW}.
Sabiendo la amenaza que suponía la presencia del Magus, que era tanto el líder de la Iglesia Universal de la Verdad como un yo alternativo de Adam Warlock, envió a Gamora para que lo ayudara a derrotarlo a él y su Iglesia de la Verdad Universal. Thanos confiaba en que la presencia de un elemento no perteneciente a ese tiempo como Gamora insertado en el tiempo de Magus daría al traste con los planes de su oponente y ello conduciría a un futuro diferente a aquel del Thanos había rescatado a Gamora. Adam Warlock y Pip el Troll se enfrentaron al Magus, momento que aprovechó Gamora para intentar asentarle un golpe mortal, sin embargo, el álter ego de Warlock se percató de su presencia y logró invocar al Intermediador. Pese a todo Adam, y sus aliados lograron derrotar al Magus.
Gamora volvió con su mentor Thanos y se enteró de su próximo plan: la destrucción de las estrellas y de toda la vida del Universo. Horrorizada, intentó asesinar a Thanos con una daga pero Thanos la hirió mortalmente y la abandonó para que muriera. Adam Warlock encontró a la moribunda Gamora que le avisó de los planes de Thanos de hacer que todos los seres vivos del Universo murieran. Warlock usa su Gema-Alma para absorber su espíritu (o consciencia) en el interior de ésta. Durante un tiempo, la forma espiritual de Gamora habitó en la dimensión de bolsillo que se hallaba dentro de la gema en paz y armonía junto a los espíritus de Adam Warlock, su amigo Pip el Troll y muchos otros.