Pero con el paso de las vueltas el guión cambió ligeramente. El español superaba con bastante facilidad tanto Q1 como Q2, así que en la ronda final decidió completar un total de 2 giros para comprobar cuan competitivo era el R29. Con su segunda vuelta rápida de la Q3, Alonso se llegó a colocarse tercero, pero rápidamente fue bajando posiciones hasta situarse en la 8ª, lugar desde el que tendrá que salir mañana.
Fernando Alonso tras la clasificación: "Creo que la octava era nuestra posición. No podíamos hacer mucho más, y mañana vamos a intentar recuperar posiciones, pero sabemos que los que salen delante de nosotros van a ser muy rápidos, y detrás de nosotros tenemos a los dos Red Bull, quienes en teoría son dos coches que están luchando por el campeonato, por lo tanto no van a ir despacio ni mucho menos. La posición en la que creo que puedo acabar, será en torno a la que voy a salir."
"En la salida puedo ganar posiciones con el KERS, ya que es una de las ventajas que ofrece, y por la que lo hemos montado de nuevo en el coche. De todos modos, la salida dependerá de cómo arranque el coche y de cómo se comporte en esos primeros quince o veinte metros. Las últimas siete u ocho carreras hemos salido bastante mal, Hungría aparte, y el KERS a lo que nos puede ayudar, seria a paliar esa mala salida. Intentaré pasar a los coches que no tienen KERS en esos primeros metros.""Creíamos que las ruedas más duras nos iban a ir mejor en la Q3, porque era algo que ya habíamos probado. Pero teníamos tiempo solamente para hacer una vuelta, entrar a boxes, y hacer luego tres seguidas con este compuesto, que necesita más tiempo para conseguir en temperatura ideal. Por eso lo hicimos así."
Italia 2009